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證據是民事訴訟之基石。訴訟的一方在包括證據方法和證據運用在內的證據活動占有優勢，便能在訴訟中把握主動權，甚至贏得訴訟。然而，在方法專利侵權糾紛中，由于證據往往掌握在侵權一方手中，導致權利人面臨舉證困難，甚至是無法舉證。
因此，方法專利侵權訴訟中，應如何舉證，采用何種標準分配各方的舉證責任，就變得非常重要。已有制度規則也試圖解決此類問題。比如，對于新產品的發明專利侵權訴訟，《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》第四條以及《專利法》第六十一條規定，因新產品制造方法發明專利引起的專利侵權訴訟，由制造同樣產品的單位或個人對其產品制造方法不同于專利方法承擔舉證責任。也即，對新產品制造方法實行舉證責任倒置。
對于非新產品的發明專利侵權訴訟，《專利法》沒有特別規定，因此適用民事訴訟的一般規則，即所謂“誰主張，誰舉證”。具體到專利侵權訴訟中，權利人應當對被訴侵權人實施了涉案方法專利的方法步驟承擔舉證責任。
然而，上述規定仍然存在諸多問題。比如，如何認定方法專利中的“新產品”，如何針對被訴侵權人使用了涉案專利的方法進行舉證，都需要進一步探討。在此，筆者將結合相關案例，就上述問題一一說明。
方法專利侵權訴訟中“新產品”的舉證
新產品制造方法的侵權訴訟雖然實行舉證責任倒置，但是適用舉證責任倒置的前提是，權利人需要舉證證明：一是依照專利方法制造的產品屬于新產品;二是被訴侵權人制造的產品與依照專利方法制造得到的產品屬于同樣的產品。
其中，對于第一點的證明，《最高人民法院關于審理侵犯專利權糾紛案件應用法律若干問題的解釋》第十七條明確規定了以專利申請日前是否為國內外公眾所知，為認定是否為新產品的標準。也就是說，權利人需要證明產品或者制造產品的技術方案在專利申請日以前不為國內外公眾所知。
然而，“不為國內外公眾所知”屬于消極事實，對于消極事實或未曾發生的事實是無法進行舉證的。因此，在新產品制造方法的侵權訴訟中，權利人通常難以證明產品屬于新產品。
在這種情況下，可以考慮主張，根據申請文件以及審查經過文件等能夠證明，使用方法專利制造的產品在組份、結構、或者質量、性能、功能等方面與已有的同類產品相比取得了顯著的進步，解決了已有同類產品存在的某種缺陷或不足等技術問題。
例如，最高人民法院在無錫市隆盛電纜材料廠、上海錫盛電纜材料有限公司與西安秦邦電信材料有限責任公司等侵犯專利權糾紛再審民事判決書【(2012)民提字第3號】中提到，涉案專利提供了一種新的平滑型金屬屏蔽復合帶產品制造方法。這種新制造方法要求塑料薄膜與金屬箔帶表面之間進行凹凸不平的非純平面結合，與現有技術的純平面粘合有了顯著區別，使得使用該專利方法制造的平滑型金屬屏蔽復合帶形成了區別于本案專利申請日前同類產品的結構特征。這種新的結構特征導致使用本案專利方法制造的產品在質量和性能方面與本案專利申請日前同類產品具有明顯差別。因此，可以認定利用本案專利方法制造的平滑型金屬屏蔽復合帶屬于新產品。
另外，也可以提供專利局的檢索部門、省市的科技情報信息查詢機構等單位制作的針對涉案方法專利制得的產品進行的國內外范圍的查新檢索以完成證明該產品為新產品的初步證明責任。
非新產品方法專利中涉案專利方法的舉證
對于非新產品的方法專利侵權訴訟，如前所述，權利人對被訴侵權人實施的制造方法落入方法專利的范圍內承擔舉證責任。但是，方法發明專利的權利保護范圍由方法步驟構成，方法步驟的實施一般在被控侵權人管理、控制的場所內完成，權利人通常難以直接證明被訴侵權人使用了其專利方法。在某些情況下，在專利權利人提起訴訟時被訴侵權行為已經停止。因此實踐中，想要直接證明被訴侵權人使用了其專利方法是比較困難的。
例如，在(2017)京民終402號中國文化遺產研究院與趙良新侵害發明專利權糾紛一案中，涉案專利涉及一種采用絲網印刷方法的古建彩繪的制作方法(以下記為“古建彩繪的制作方法案”)。權利人趙良新于2013年12月到河北省承德市安遠廟游玩時發現了安遠廟中存在采用其涉案專利的方法制作的古建彩繪。該案中，該古建彩繪除了通過涉案專利記載的絲網印刷進行制作之外，還可以通過手繪來制作，因此并不是新產品。而在權利人發現其方法專利被侵權時，被訴侵權行為實際上已經完成并停止了。因此，權利人事實上是無法獲得被訴侵權人實際采用的涉案專利方法的直接證據的。
該案中，權利人及被訴侵權人均認可的司法鑒定機構對安遠廟中的彩繪使用拍照和高倍放大鏡提存的方式進行現場取樣，取得該彩繪的照片等信息，與權利人通過專利方法制作的彩繪的照片信息進行比對，結果認為兩者的痕跡特征相同，屬于采用同一種印刷方式制作得到的。據此，該案的一審和二審法院均認為，雖然權利人未提供被訴侵權產品的制作方法與涉案方法專利的步驟相同的直接證據，但權利人已經在其舉證能力范圍內盡力舉證，且可以證明被訴侵權人采用與其涉案專利相同方法步驟的蓋然性大，此時舉證責任應轉移至被訴侵權人。但文化遺產研究院未能舉證證明其使用的確系其主張的手繪方法，也未就其所稱的多種印制方法進行舉證并足以使法院排除其存在使用趙良新涉案專利方法的較大可能性。從而認定文化遺產研究院侵權。
由上述可以看出，在權利人已提交可靠初步證據證明侵權蓋然性很大的情況下，應當轉移舉證責任。由被訴侵權人承擔證明其使用的方法與專利方法不同的舉證責任。被訴侵權人無正當理由拒不提供的，應當依法推定權利人主張成立，由被訴侵權人承擔舉證不能的不利后果。
對此，最高人民法院在《關于充分發揮知識產權審判職能作用推動社會主義文化大發展大繁榮和促進經濟自主協調發展若干問題的意見》中也強調，“使用專利方法獲得的產品不屬于新產品，權利人能夠證明被訴侵權人制造了同樣產品，經合理努力仍無法證明被訴侵權人確實使用了該專利方法，但根據案件具體情況，結合已知事實以及日常生活經驗，能夠認定該同樣產品經由專利方法制造的可能性很大的，可以根據民事訴訟證據司法解釋有關規定，不再要求權利人提供進一步的證據，而由被訴侵權人提供其制造方法不同于專利方法的證據。”
方法專利侵權訴訟舉證有其自身特點。當前司法裁判并沒有機械的適用舉證的一般性規則，而正是考慮其特殊性，根據舉證責任制度的本質屬性，運用誠實信用原則，靈活分配舉證責任，起到了平衡各方當事人利益的效果。
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